Paprasta naudoti bioinformatikos platforma DNR analizei gaubtasėkliuose

Žydintys augalai, dar žinomi kaip gaubtasėkliai, suteikia pasauliui žavesio, kuris gamtoje nedaro nieko kito, bet dar svarbiau, kad jie mus palaiko. Daugumą mūsų vartojamų vaisių, daržovių, grūdų, pupelių, riešutų ir net žolelių bei prieskonių gamina žydintys augalai. Nauja DNR analizės programinė įranga, pavadinta MarkerMiner, palengvina genų, kurie gali būti naudojami evoliuciniams ryšiams tarp jų išsiaiškinti, identifikavimą.

Floridos universiteto (UF) biologas Srikaras Chamala, bendradarbiaudamas su UF Genetikos instituto fakultetu Bradu Barbazuku, Pamela Soltisu ir Douglasu Soltisu, kartu su tyrėjų komanda iš Jungtinių Valstijų, Čilės ir Belgijos, sukūrė „MarkerMiner“, kad paskatintų didesnę gaubtasėklių pažangą. filogenetika. Šiuo metu yra daugiau nei 300 000 gaubtasėklių rūšių, kurių daug smulkesnių evoliucinių detalių nežinoma. Programinė įranga padės tyrėjams atrasti paviršutiniškai panašius genus, nes padės artimai palyginti jų genus.

„MarkerMiner veikia filtruodama didelius surinktų transkripto sekos duomenų kiekius [the gene-encoding portion of the genome] Norėdami nustatyti vienos kopijos branduolio lokusus“, – aiškina tyrimui vadovavęs daktaras Chamala. „MarkerMiner“ nutaikytų genų kopijos būklė daro juos puikiais genetiniais žymenimis, padedančiais išspręsti gaubtasėklių filogenijas.

Nepaisant DNR sekos nustatymo technologijos pažangos, genetinės sekos duomenų analizė daugeliui tyrėjų gali būti brangi, atimti daug laiko ir trukdyti. „MarkerMiner“ pašalina šiuos suvaržymus suteikdama lengvai naudojamą platformą, kurią mokslininkai visame pasaulyje, turintys ribotą bioinformatikos mokymą ir ribotą prieigą prie didelio našumo kompiuterinių išteklių, gali panaudoti, kad sukurtų filogenetinius žymenis bet kuriai dominančių gaubtasėklių grupei.

Išsamų „MarkerMiner“ aprašymą rasite naujausiame numeryje Taikymas augalų moksluose (http://www.bioone.org/doi/pdf/10.3732/apps.1400115). Tyrimas apima šimtus vienos kopijos branduolinių lokusų iš keturių skirtingų žydinčių augalų grupių, kurios buvo sėkmingai identifikuotos. Naudotojo vadovas su šaltinio kodu yra viešai prieinamas adresu https://bitbucket.org/srikarchamala/markerminer.

Smithsonian instituto tyrėjas Mohammadas Vatanparastas sako: „Džiaugiuosi, kad radau MarkerMiner. Naudoju jį, kad iš transkripcijos ištraukčiau vienos kopijos ortologinius genus, tokius kaip sojos pupelės ir paprastosios pupelės. „MarkerMiner“ turi didelį potencialą paskatinti naujos kartos sekų tyrimus. ir labai palengvina vietos pasirinkimą.

Normanas A. Douglasas, Oberlino koledžo tyrėjas, naudoja MarkerMiner, kad sukurtų lokusus daugialokiams filogeografijai įvairiose gipso endeminių augalų linijose Čihuahuano dykumoje, esančioje Meksikoje ir JAV pietvakariuose.

„Mūsų pirmosios pastangos užtruko keletą mėnesių, kad nustatytų galimus vienos kopijos lokusų ortologus linijose, turinčiose mažus genominius išteklius, pvz., Nyctaginaceae, Boraginaceae ir kai kuriose izoliuotose gentyse Asteraceae. formatu. Esu įsitikinęs, kad šis dujotiekis bus plačiai naudojamas filogeografijos bendruomenė“, – sako Douglasas.

„MarkerMiner“ netrukus galėtų suteikti daugiau galių mokslininkams visame pasaulyje, atlikdama veiksmingesnius ir ekonomiškesnius gaubtasėklių tyrimus tokiose srityse kaip ekologija, evoliucija, sistematika, filogeografija ir populiacijos biologija.


Vienas vamzdynas, apjungiantis daugybę genų paieškos įrankių


Pateikė Amerikos botanikos draugija

Citata: MarkerMiner 1.0: paprasta naudoti bioinformatikos platforma DNR analizei gaubtasėkliuose (2015 m., balandžio 30 d.), gauta 2022 m. balandžio 16 d. iš https://phys.org/news/2015-04-markerminer-easy-to-use- bioinformatics-platform-dna.html

Šis dokumentas yra saugomas autorių teisių. Išskyrus bet kokį raštišką leidimą privačioms studijoms ar moksliniams tyrimams, jokia dalis negali būti atgaminta be raštiško leidimo. Turinys pateikiamas tik informaciniais tikslais.

Parašykite komentarą

El. pašto adresas nebus skelbiamas.